دانشگاه علوم و معارف قرآن کریم به ‌منظور تقویت و گسترش مبانی و پشتوانه‌های علمی، فکری و عقیدتیِ صحیح و به‌ روز، و همچنین به ‌منظور بهره‌وری مطلوب از موقوفات قرآنی در سال 1361 توسط سازمان اوقاف و امور خیریه در تهران آغاز به کار کرد و پس از مدتی فعالیت و طی فرآیندهای لازم از سال 1373، با تأیید رسمی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، دانشکده‌های دیگری در شهرهای مختلف کشور ایجاد کرد که هم اکنون تعداد این دانشکده ها بالغ بر 18 دانشکده در شهرهای آمل، اصفهان، بجنورد، بندرعباس، تهران، خمین، خوی، زابل، زاهدان، سبزوار، شاهرود، شیراز، قم، کرمانشاه، مراغه، مشهد، ملایر و میبد می باشد. ظرفیت فعلی این دانشگاه بیش از 7000 دانشجو می‌باشد که دانشجویان در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری به‌صورت روزانه و نوبت دوم مشغول به تحصیل می باشند.